É possível que as linhas sejam terminadas em M? Esse é um problema em potencial ao mover arquivos do Windows para sistemas UNIX. Uma maneira fácil de verificar é usar vi
no modo "mostre-me o binário", com vi -b /etc/apache2/domain.ssl/domain.ssl.crt/domain.com.crt
.
Se cada linha terminar com um controle-M, como este
-----BEGIN CERTIFICATE-----^M
MIIDITCCAoqgAwIBAgIQL9+89q6RUm0PmqPfQDQ+mjANBgkqhkiG9w0BAQUFADBM^M
MQswCQYDVQQGEwJaQTElMCMGA1UEChMcVGhhd3RlIENvbnN1bHRpbmcgKFB0eSkg^M
THRkLjEWMBQGA1UEAxMNVGhhd3RlIFNHQyBDQTAeFw0wOTEyMTgwMDAwMDBaFw0x^M
você tem um arquivo no formato de terminação de linha do Windows, e o apache não adora isso.
Suas opções incluem mover o arquivo novamente, tomando mais cuidado; ou usando o comando dos2unix
para removê-los; você também pode removê-los dentro do vi, se tiver cuidado.