Pode ser na expressão regular que você está usando -
location ~ ^/phpmyadmin/(.*)$
O acima irá corresponder ao / phpmyadmin /, / phpmyadmin / anything / else / here, mas não irá corresponder ao / phpmyadmin porque a expressão regular inclui a barra final.
Você provavelmente quer algo assim:
location ~ /phpmyadmin/?(.*)$ {
alias /home/phpmyadmin/$1;
}
O ponto de interrogação é um quantificador de expressão regular e deve informar ao nginx para corresponder a zero ou a um dos caracteres anteriores (a barra).
HTH