Resumindo:
ls /etc/rc*.d
Isso mostra o que começa em qual runlevel, e dentro de cada nível a ordem é determinada pelo número após a letra (K é Kill, S é start).
Você pode configurar o que começa em cada nível de execução com sysv-rc-conf, que pode ser instalado com o apt.
por exemplo. no meu sistema o apache2 é linkado simbolicamente no rc5.d como "S20apache2". Um link no mesmo diretório com S19 começaria antes dele, algo com S21 começaria depois.
Leitura adicional: