Estou instalando a caixa virtual no windows e quero instalar o ubuntu nesta caixa usando o wubi? Ou simplesmente quando executo o instalador do wubi, posso indicar que instalo na caixa virtual?
O problema é que eu não tenho nero na minha máquina, então eu não posso gravar o arquivo iso do Ubuntu em DVD ou CD (estou usando o Windows 7).
Não é necessário usar o wubi: o VirtualBox pode instalar um SO direto de um arquivo .iso, sem necessidade de CD.
Basta criar uma VM em branco e, na primeira vez que você iniciar, o VirtualBox perguntará onde está o seu disco de instalação. Basta entregá-lo ao arquivo .iso e pronto! :)
Não sei o que significa a segunda parte da sua pergunta, mas sim, você pode executar todos os programas normais, desde que sua máquina seja poderosa o suficiente.
Você pode simplesmente selecionar o arquivo iso como imagem para uma "unidade de cd virtual" na caixa virtual e inicializar a máquina virtual a partir deste CD virtual. Basta configurar uma nova máquina virtual com um disco rígido vazio, selecionar a imagem do CD no menu de dispositivos e inicializar a máquina.