A única maneira que eu conheço para fazer isso é o uso do Gerenciador de Configurações CompizConfig. Primeiro você precisa instalá-lo:
sudo apt-get install compizconfig-settings-manager
O CCSM agora aparecerá no Dash ou poderá ser executado a partir da linha de comando com
ccsm
Na categoria "Desktop", você verá um botão "Ubuntu Unity Plugin". Clique aqui e vá para a aba "Experimental". A primeira opção deve ser chamada de "cor de fundo". Você pode clicar na cor e escolher qualquer cor que quiser. O painel do Unity deve permanecer nessa cor, independentemente do plano de fundo da sua área de trabalho.
Se você quiser voltar para a seleção automática de cores, clique no botão de redefinição da opção "Cor de fundo".