Minha abordagem é não usar permissões de arquivo no nível de arquivo / diretório; use permissões de nível de compartilhamento de arquivos e defina toda a unidade de dados do sistema de arquivos do servidor para Todos Controle Total (que se torna discutível).
Ao longo dos anos (10+), descobri que as permissões de NTFS são mais complexas e levam a mais erros. Se as permissões estiverem erradas ou a herança for quebrada, você exporá os dados e será difícil encontrá-los e vê-los. Além disso, você está exposto ao problema de mover / copiar, como você diz.
Locais onde você precisa usar ACLs de diretório / arquivo; Não conheço nenhuma outra solução que não seja a de verificar a coisa regularmente.