Você pode usar o comando subst no Windows.
subst m: c:\foo
Para fazer um redirecionamento persistente, você pode editar o registro. Adicione um valor de string (REG_SZ) a:
HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Session Manager\DOS Devices
Defina o nome do valor para a letra da unidade (por exemplo, M: ) e, em seguida, os dados para:
\??\C:\foo\foosub
Este método funcionará em logins e reinicializações. Eu testei isso no Windows 2008, então ele também deve funcionar no Vista, XP, 2003 e 2000.