(Nota: ~ traduz como /home/user neste post)
Pessoalmente, coloquei todos os meus scripts de sistema personalizados em /usr/local/bin e todos os meus scripts pessoais em ~/bin . Muito poucos programas que eu instalo se colocam no diretório /usr/local/bin , então não é muito confuso e já estava na variável $PATH na maioria das minhas máquinas.
Para adicionar /usr/local/bin ao seu caminho do sistema (se ainda não estiver lá), adicione isso a /etc/profile :
PATH=$PATH:/usr/local/bin
export PATH
Para adicionar ~/bin ao caminho do usuário, adicione isso a ~/.bash_profile :
PATH=$PATH:$HOME/bin
export PATH
Às vezes, o arquivo .bash_profile padrão terá uma instrução if que adiciona automaticamente ~/bin a $PATH , se existir, crie o ~/bin e abra um novo terminal para ver se o seu já faz isso.