Tenho certeza de que o -R flag funciona - sempre tem para mim de qualquer maneira. O que não funciona, e o que me atrapalhou no início do uso da linha de comando, está usando * em um diretório com arquivos / diretórios ocultos. Então fazendo
$ chown -R /home/user/*
não fará os arquivos e diretórios ocultos. No entanto, se você segui-lo com
$ chown -R /home/user/.[^.]*
você fará todos os arquivos ocultos (mas não . ou .. como /home/user/.* ). Tendo dito tudo isso, eu esperaria
$ chown -R /home/user
para obter todos os arquivos e diretórios ocultos dentro de /home/user - embora isso também altere as permissões do próprio diretório, o que pode não ser o que você pretendia.