Para alterar a senha do root para newpassword :
mysqladmin -u root -p'oldpassword' password 'newpassword'
Para alterá-lo para que o root não exija uma senha:
mysqladmin -u root -p'oldpassword' password ''
Nota: acho que é importante que não haja um espaço entre o -p e o 'oldpassword' , mas posso estar errado sobre isso