Veja o link de Marko para tabelas InnoDB e as advertências.
Para o MyISAM, não há uma solução fácil "esta é a consulta incorreta". Você deve sempre começar com uma lista de processos. Mas não se esqueça de incluir a palavra-chave completa para que as consultas impressas não sejam truncadas:
SHOW FULL PROCESSLIST;
Isso mostrará uma lista de todos os processos atuais, sua consulta e estado SQL. Agora, normalmente, se uma única consulta estiver causando o bloqueio de muitas outras, ela deverá ser fácil de identificar. As consultas afetadas terão um status de Locked
e a consulta incorreta ficará sozinha, possivelmente esperando por algo intensivo, como uma tabela temporária.
Se não for óbvio, você terá que usar seus poderes de dedução de SQL para determinar qual parte do SQL incorreto pode ser a causa de seus problemas.