Para remover os arquivos de configuração, instale novamente o tor e o polipo, depois purgá-los (remove remove o aplicativo, mas deixa os arquivos de configuração do sistema.
sudo apt-get purge tor polipo
Na página man do apt-get
eliminação
eliminar é idêntico para remover, exceto que os pacotes são removidos e purgado (quaisquer arquivos de configuração também são excluídos).