Claro - md5sum directory/*
Se você precisar de algo um pouco mais flexível (por exemplo, para recursão de diretório ou comparação de hash), tente o md5deep.
apt-get install md5deep
md5deep -r directory
Para comparar uma estrutura de diretórios, você pode fornecer uma lista de hashes para comparação:
md5deep -r -s /directory1 > dir1hashes
md5deep -r -X dir1hashes /directory2
Isto irá mostrar todos os arquivos no diretório2 que não correspondem ao diretório1.
Isto não mostrará arquivos que foram removidos do diretório1 ou arquivos que foram adicionados ao diretório2.