Não.
O IPv6 tem IPsec integrado como parte do protocolo, e não é um parafuso como é com o IPv4. No entanto, isso não significa que está ativado por padrão, apenas significa que é uma sobrecarga (teoricamente) menor na pilha de rede.
Geralmente, o uso de IPsec é determinado no nível IP da pilha de rede e, portanto, determinado pelas próprias políticas do sistema. por exemplo. O sistema A pode ter uma política que requer que o AH e o ESP tenham qualquer comunicação com a sub-rede 4.0.0.0/8.
Atualização: para ficar claro, o aplicativo não se importa - apenas sabe que tem que abrir uma conexão de rede em algum lugar e enviar / receber dados por ela. O sistema então precisa descobrir se deseja negociar o IPsec para a conexão solicitada fornecida. O IPsec é muito projetado para ser um mecanismo de autenticação / criptografia de baixo nível e é construído intencionalmente para que protocolos e aplicativos de alto nível não precisem se preocupar com isso.
Dito isso, é apenas mais um controle de segurança em nível de rede e não deve necessariamente ser usado isoladamente ou confiável para garantir "segurança" - se você está tentando resolver um problema de autenticação, é totalmente possível que você Deseja que o aplicativo imponha algum tipo de autenticação no nível do usuário, deixando a autenticação no nível da máquina até IPsec.