A principal razão pela qual você deseja instalar o Python 3.x é executar programas do Python 3. Com isso dito, você ainda precisaria do Python 2.x instalado se quisesse executar programas projetados para esse idioma, já que existem incompatibilidades entre os dois.
No que diz respeito a escolher um único interpretador Python padrão para a instalação base (com o outro precisando ser instalado posteriormente, se necessário), o principal motivo que você pode escolher 3.x é que é aqui que a evolução da linguagem ocorre. .
Como foi anunciado, não haverá um Python 2.8 , portanto, quaisquer extensões de idioma úteis adicionados à ramificação 3.x da linguagem não serão transferidos para a antiga língua.
Os programas que dependem do Python 2.x não vão desaparecer tão cedo, mas o código na instalação padrão é muito mais gerenciável. Então, a mudança deve ser possível em um período de tempo muito menor.