Porque o Debian define permissões muito restritas em /var/lib/php5
(1733, raiz do proprietário, raiz do grupo) para evitar o seqüestro de sessão do PHP. Infelizmente, isso também impede que o coletor de lixo de sessão PHP nativo funcione, porque não pode ver os arquivos de sessão lá. O cron job é executado como root, que tem acesso suficiente para ver e limpar os arquivos da sessão.
Editar : Documentação de apoio: O comportamento foi estabelecido em resposta a bug # 267720 . (Costumava haver comentários no arquivo stock php.ini
sobre isso, mas eu não os vejo lá agora na minha instalação PHP baseada em wheezy.)