Sim.
Configure a replicação para uma segunda máquina. Quando você precisa fazer um backup, você pode bloquear a máquina secundária, executar mysqlhotcopy ou mysqldump e, em seguida, desbloqueá-la. Ele recuperará o backup com seu mestre e você nunca precisará colocar o mestre off-line.
Você pode até fazer isso na mesma máquina, se não se importar em duplicar a E / S de gravação, mas, idealmente, deve fazer backup em tempo real para um segundo servidor físico e fazer backups de instantâneos com tanta frequência como você precisa, sem atrapalhar seu servidor de produção.
Também é teoricamente possível restaurar um banco de dados usando um estado conhecido e binlogs. Eu nunca fiz isso, então, por favor, investigue primeiro, mas você pode fazer o backup de um estado conhecido do seu banco de dados, depois apenas fazer o backup de todos os novos binlogs e reproduzi-los se precisar restaurar. Como binlogs são escritos linearmente, rsyncing novos binlogs para um computador remoto seria muito rápido.
Edit: De fato, parece que o uso de binlogs para backup está documentado.
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