O backend é diferente: o Compiz usa um compositor 3D para exibir as janelas. Enquanto Metacity exibe as janelas em 2D. Portanto, se você tiver uma placa gráfica de baixo nível e / ou quiser economizar energia em um dispositivo móvel, sugiro usar a metaclidade.
Também costumava haver problemas com aplicativos 3D em combinação com o compiz.