Você pode alterar o local padrão por site / aplicativo editando a seção Configuração do arquivo Web.config
.
<system.web>
<compilation tempDirectory="D:\MyTempFiles" />
</system.web>
O aplicativo irá re-compilar e os arquivos serão armazenados neste novo local, após o qual você pode remover com segurança as pastas antigas. Observe que os nomes das pastas permanecerão os mesmos; por exemplo. se a localização antiga era:
C:\Windows\Microsoft.NET\Framework64\v4.0.30319\Temporary ASP.NET Files\root78g103\e67805p7
então o novo será:
D:\MyTempFiles\root78g103\e67805p7