O problema foi com o reinício do php5-fpm. Parece que há um bug onde às vezes alguns processos filhos não são finalizados no reinício. Eu tive que matar manualmente os processos com kill <process id>
, identificando-os com ps -ef
.
Em seguida, consegui reiniciar totalmente o php5-fpm, que promovia minhas alterações de configuração.