A persistência é salva em um arquivo ou partição chamada casper-rw, um arquivo inicial persistente ou uma partição chamada home-rw também é possível. Uma instalação persistente salvará dados, instalações de programas, áreas de trabalho personalizadas, praticamente tudo, exceto alguns drivers que são carregados antes que o arquivo de persistência seja lido durante a inicialização (gráficos NVidia).
Em uma instalação do tipo syslinux, (SDC, Unetbootin, Universal, Rufus, etc), o sistema reside na raiz da unidade, assim como o arquivo casper-rw. O sistema de arquivos para esta partição é FAT32, portanto, o tamanho máximo para o arquivo de persistência é de 4 GB.
Antes de 14.04, as instalações do tipo syslinux também podiam usar uma partição persistente de casper-rw e home-rw. As partições persistentes não funcionam mais, exceto com instalações do tipo grub2, (mkusb e o MultiBootUSB original).
O Mkusb é fácil de usar, seguro, versátil e fará uma partição persistente do tamanho que você quiser, então usará o restante do espaço em disco para criar uma partição NTFS visível tanto para o Linux quanto para o Windows.
Limitações, bem, você não quer desconectar um pendrive persistente enquanto os dados estão sendo gravados para persistência, felizmente o mkusb vem com ferramentas de backup de persistência.