Parece que você está coberto. A única outra dica é talvez levar um pouco mais lento do que uma atualização por atacado cega. Você sempre pode atualizar os pacotes ou cadeias de dependências individualmente com emerge -DNuav <atom>
em vez de world
(use --oneshot para coisas que você não deseja adicionar ao arquivo do mundo, como bibliotecas do sistema, por exemplo).
Observe que é sempre mais fácil fazer isso se você se manter atualizado regularmente, em vez de usar atualizações em lote monolíticas a cada dois meses. Além disso, para evitar muitas surpresas, talvez seja útil inscrever-se em uma das listas de discussão, como gentoo-user
(AVISO: ~ 100 emails por dia nesta lista), já que praticamente todos os principais problemas de atualização provavelmente serão exibidos a lista com muita discussão explicando como resolvê-los.
Eu diria que a próxima grande atualização "problemática" será a migração para o openrc, uma vez que se torne estável (foi feito no meio do ano passado com apenas alguns problemas, principalmente com mudanças de rede).