Claro que você pode.
O script pode ser algo assim:
#!/bin/bash
# Set permissions
chmod 755 /home/user/Downloads/*
# Move files
mv /home/user/Downloads/* "/home/user/New Location/"
Salve isso como algo parecido com /home/user/download-script.sh e certifique-se de executar chmod u+x /home/user/download-script.sh para que ele possa ser executado.
Para que isso seja executado periodicamente, você pode usar o cron. Digite crontab -e e crie uma entrada como esta:
0 * * * * /home/user/download-script.sh
Isso levaria o script a ser executado exatamente a cada hora (digamos, 1:00, 2:00, etc.).
Você pode expandir isso, é claro. Dependendo de haver pastas no diretório Downloads , você pode querer incluir -R no comando chmod para fazer as alterações recursarem nesses diretórios, por exemplo. Espero que isso ajude:).
Nota: você pode querer ter cuidado quando usar 755 até onde as permissões forem! todos realmente precisam executar esses arquivos? Talvez algo como 764 já seja suficiente.