/var/spool/cron é onde o usuário individual crontabs vive. Como usuário, crontab -e edita o arquivo correspondente em /var/spool/cron .
/etc/cron.d é um diretório que é verificado por arquivos crontab modulares. A sintaxe é um pouco diferente para arquivos nesse diretório. As entradas do cron têm um campo adicional para um user para executar as entradas do cron como. Isso é o mesmo que um arquivo /etc/crontab no sistema inteiro.
Veja a documentação da RedHat aqui: link