Não tenho certeza se você ganhará alguma coisa no Windows fazendo chrooting - você tem uma necessidade específica?
No caso de o resultado principal no google ser link .
Talvez a virtualização de aplicativos possa ser uma opção? A Microsoft tem o seguinte a dizer sobre isso:
In a physical environment, every application depends on its OS for a range of services, including memory allocation, device drivers, and much more. Incompatibilities between an application and its operating system can be addressed by either server virtualization or presentation virtualization; but for incompatibilities between two applications installed on the same instance of an OS, you need Application Virtualization.