Descobri isso sozinho:
Na verdade, é o valor em Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings\Connections\DefaultConnectionSettings
que é usado.
Como isso não é facilmente modificado, você pode modificar as configurações de proxy de um usuário, exportar a chave do Registro, modificar o caminho no arquivo exportado para HKEY_USERS\S-1-5-18
e reimportá-lo.