Existem muitas razões:
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Superfície de ataque: mais programas, especialmente os em rede, significam mais oportunidades para alguém encontrar um bug e entrar.
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Superfície de defeitos: como acima, mas substitua "someone" por " Murphy " e " entrar em "com" arruinar o seu dia ". Na verdade, "estragar o seu dia" provavelmente se aplica ao ponto anterior também.
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Eficiência do sistema: X11, e os ambientes de GUI que as pessoas tendem a executar neles, consomem uma quantidade decente de RAM, especialmente em um sistema de recursos limitados como um NUC. Não executá-los significa mais recursos para realizar trabalhos úteis.
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Eficiência do operador: GUIs não se prestam a scripts e outras formas de automação. Clicar nas coisas parece produtivo, mas na verdade é a pior maneira de fazer algo profundamente técnico. Você também verá que suas futuras oportunidades de emprego serão bastante limitadas se não puder criar scripts e automatizar seu trabalho - a indústria está se distanciando das ferramentas administrativas da GUI. Heck, mesmo o Windows Server pode ser instalado sem GUI nos dias de hoje, e se isso não faz você pensar sobre os méritos relativos de apenas saber como clicar nas coisas, eu realmente não sei o que dizer para você.