Correção mais fácil: coloque
set prefer-visible-bell on
no seu ~/.inputrc .
Isso, no entanto, funcionará apenas para aplicativos que usam a biblioteca readline (isso inclui o Bash). Outros aplicativos ainda podem decidir emitir um bipe em você.
Se você quiser desativar todos os sinais sonoros, você terá que fazê-lo no terminal. Como fazer isso depende do seu terminal. Em xterm , a opção -vb (também funciona em muitos outros terminais, por exemplo, em rxvt). A maioria dos terminais gráficos tem uma opção de configuração para isso.
Veja também o Visible bell mini-Howto para todos os detalhes sujos.