Deve ser rsync [OPTION...] SRC... [DEST]
, então funciona nessa direção (a menos que você mude de destino e src).
left/a.txt
deve ser copiado para right/a.txt
:
$ echo 'left' > left/a.txt
$ echo 'right' > right/a.txt
$ cat left/a.txt && cat right/a.txt
left
right
$ rsync -avv left/ right/
sending incremental file list
delta-transmission disabled for local transfer or --whole-file
a.txt
total: matches=0 hash_hits=0 false_alarms=0 data=5
sent 95 bytes received 34 bytes 258.00 bytes/sec
total size is 5 speedup is 0.04
$ cat left/a.txt && cat right/a.txt
left
left
Se houver arquivos específicos que você não deseja incluir no rsync, dê uma olhada em --exclude=PATTERN
e --exclude-from=FILE
.