Existem algumas maneiras. Se você quiser fazer isso temporariamente, pode remover o bit de execução do arquivo:
$ chmod -x /etc/init.d/varnish
Depois, adicione-o novamente quando apropriado:
$ chmod +x /etc/init.d/varnish
A maneira "oficial" no Ubuntu (assim como no Debian e outros derivados Debian), porém, é usar o comando update-rc.d
:
$ update-rc.d varnish disable
Isso removerá todos os links simbólicos das pastas /etc/rcX.d, que cuidam de iniciar e interromper o serviço quando apropriado.
Veja a página man update-rc.d para saber mais informação.