Isso faz com que o IIS aponte para diferentes arquivos de configuração de nível raiz para o .NET. Esses arquivos de nível raiz residem nas pastas de instalação da estrutura em %systemroot%\Microsoft.NET\Framework\<version>\CONFIG
O IIS procura por arquivos de configuração em %systemroot%\system32\inetsrv\config\applicationHost.config
e para .NET em %systemroot%\Microsoft.NET\Framework\<version>\CONFIG\machine.config
Alterar as opções do .NET Version que o machine.config é usado. Por exemplo, alterá-lo para v2.050727 fará com que ele veja %systemroot%\Microsoft.NET\Framework\v2.0.50727\CONFIG\machine.config
. Mudando para v4.0.30319, você verá %systemroot%\Microsoft.NET\Framework\v4.0.30319\CONFIG\machine.config
As aplicações herdam as coisas das configurações de nível raiz.
Dê uma olhada em este artigo que descreve o sistema de configuração e mostra a hierarquia de configuração.