Enquanto você está perguntando qual é a maneira mais comum, eu acho que é melhor olhar para a sua situação e lembrar que um protocolo não exclui outro - adicionar mais protocolo de acesso mais tarde se você precisa deles.
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A maioria eficiente e rápida é usar o daemon do Git nativo. No entanto, pouco Recursos oferecidos: sem criptografia, sem autenticação. Ideal para público espelhos só de leitura dos seus repositórios. Se você precisar de desempenho, considere a possibilidade de instalar uma versão recente em vez da versão fornecida com o sistema operacional.
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A maneira mais compatível é HTTP. Menos eficiente que o Git nativo, mas também não faz muita diferença. O mais importante pro do HTTP é a penetração do firewall e o suporte ao proxy. Aparece como outro tráfego HTTP regular para a maioria dos gateways / firewalls.
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Mais seguro é HTTPS, mas inevitavelmente menos eficiente também. Requer bastante alguma configuração. Você também precisará de um certificado TLS confiável.
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Segurança semelhante, mas uma maneira mais comum é usar o SSH. É o default se nenhum protocolo for especificado na linha de comando. Alimentado por SSH, ele fornece criptografia strong e autenticação de senha e chave. Embora não convencional, é possível permitir o acesso anônimo dessa maneira também.
Meu conselho dependeria do caso de uso de seus repositórios:
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repositórios privados & grupo pequeno de usuários: SSH
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repositórios públicos, qualquer quantidade de clones, mas um pequeno grupo de usuários privilegiados por push: HTTP e Git (somente busca) + SSH (+ push-access)
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qualquer uma das opções acima, mas com grande quantidade de usuários privilegiados por push: você provavelmente não entende a filosofia do Git.
Algumas redes públicas ou corporativas podem bloquear o tráfego do Git e do SSH. Se você realmente precisa acessar seus repositórios de em qualquer lugar , considere usar HTTPS e SSH.