Use o pacote cruft :
cruft is a program to look over the system for anything that shouldn't be there, but is; or for anything that should be there, but isn't.
Instalei algumas coisas manualmente no passado e gostaria de eliminar todos os arquivos relacionados. Então, eu preciso de uma maneira de encontrar automaticamente todos os arquivos (em / usr, por exemplo) que não estão incluídos em nenhum dos pacotes atualmente instalados no sistema Debian. No entanto, eu também precisaria filtrar os arquivos que são criados durante a instalação do pacote (por scripts de pós-instalação do dpkg e coisas semelhantes).
Use o pacote cruft :
cruft is a program to look over the system for anything that shouldn't be there, but is; or for anything that should be there, but isn't.
Você pode tentar algo assim:
dpkg -L --list-all-package-files | grep "^/usr" > dpkg-files.dat **(don't know the dpkg option "--list-all-package-files", read mand dpkg)**
find /usr -type f -o -type l > all-usr-files.dat
sort dpkg-files.dat all-usr-files.dat | uniq -c | grep " 1 "
Desta forma, você obterá todos os arquivos que estão em / usr, mas não em qualquer arquivo de pacote. Como um primeiro tiro, isso pode ajudá-lo.