O IIS negociará a versão SSL a ser usada com o cliente e, portanto, deverá selecionar a versão mais alta que funcionará com esse cliente. Ao desabilitar o SSL v2, você está dizendo que qualquer cliente que não possa usar o V3 não poderá fazer uma conexão SSL, é isso que você quer?
Quanto à verificação de que está usando a V3, se você tiver acesso a uma máquina linux (ou cygwin no Windows) com o openssl instalado, poderá executar este comando:
openssl s_client -connect server.com:443 -ssl3
Se você puder se conectar, então está funcionando. Substitua ssl3 por ssl2 se você quiser verificar SSL2.