A perda / velocidade de desempenho está muito abaixo da qualidade do roteador que você usa.
Quanto à boa / má idéia, eu sou contra quando é possível simplesmente usar o roteamento, no entanto, isso realmente depende do ambiente e do que você está tentando realizar.
Se as máquinas precisarem executar apenas algumas coisas que são compartilhadas por portas padrão, você pode ir para o dispositivo roteador / nat e definir uma regra para permitir o que você deseja (1). No entanto, se você estiver fazendo muitas tarefas de dispositivo para dispositivo, será muito mais fácil ter uma rota adequada, com cada máquina tendo seu próprio IP exclusivo (2).
(1) Por exemplo, um para muitos - Uma máquina tem um servidor da Web e você deseja compartilhá-lo com outras pessoas - você definiria uma regra no roteador para a porta 80 da máquina e, em seguida, qualquer máquina da rede externa (ou dentro se nat-loopback estiver habilitado) pode simplesmente ir para link e pode acessar.
(2) Se, no entanto, cada máquina tiver um servidor da web ligado, ou se você estiver usando muitos serviços, você terá um pesadelo configurando todas as regras (mas não é impossível) .
Quanto ao seu cenário - Se um departamento estiver usando 192.168.xx e outro 192.168.yx, eu passaria pelos dispositivos e se não houver sobreposições, pode ser simplesmente possível alterar a sub-rede de / 24 para / 16 (ou o contrário), substitua os roteadores por switches / ou similares e não tenha perda de serviços.
É realmente difícil ajudar sem saber mais sobre sua rede, não há nada de errado com o NAT duplo, desde que esteja configurado corretamente. No entanto, a menos que você realmente precise, ou há uma boa razão para isso, eu gostaria de migrar para longe se puder (opinião pessoal)
@iamrohitbanga - Em resposta às suas perguntas (muito para comentários).
A comparação é difícil - o roteamento funciona bem para redes privadas, onde cada máquina tem a capacidade de acessar todas as máquinas. Nat funciona bem, mas é usado principalmente para redes que não precisam de roteamento, pois você geralmente precisa configurar manualmente as regras / rotas recebidas.
Por exemplo, se você tiver uma conexão com a Internet e desabilitar o NAT, configure rotas ou modo de ponte manualmente - sua máquina estará diretamente na Internet - todas as portas acessíveis e qualquer máquina poderá fazer o que quiser.
Se você tiver um roteador, por outro lado, com NAT, ele pegará o IP externo e fornecerá "Nat-ed?" (não tenho certeza na terminologia ...) internet - todas as máquinas internas têm um IP não acessível a partir da Internet, mas você pode configurar regras manuais - por exemplo, porta 80 para uma máquina ... Funciona muito bem para conexões de saída (regras de firewall permitindo), mas pode ser um pesadelo para configurar regras de entrada se você hospedar muitos serviços ... e se você fizer qualquer coisa que exija portas dinâmicas (ftp, Windows AD etc.) pode ser um pesadelo.
Espero que isso ajude, se você quiser saber mais alguma coisa, fique à vontade para perguntar.