O desempenho varia de acordo com o sistema de arquivos que você está usando.
- FAT: esqueça :) (ok, acho que o limite é de 512 arquivos por diretório)
- NTFS: Embora possa armazenar 4 bilhões de arquivos por pasta, ela degrada de forma relativamente rápida - em torno de mil você começará a notar problemas de desempenho, vários milhares e verá o explorador parecer travar por um bom tempo.
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EXT3: o limite físico é de 32.000 arquivos, mas o perf sofre após vários milhares de arquivos também.
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EXT4: teoricamente ilimitado
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ReiserFS, XFS, JFS e BTRFS: esses são bons para muitos arquivos em um diretório, pois são mais modernos e projetados para lidar com muitos arquivos (os outros foram criados nos dias em que os HDDs eram medido em MB não GB). O desempenho é muito melhor para muitos arquivos (junto com o ext4), pois ambos usam um algoritmo de tipo de pesquisa binária para obter o arquivo desejado (os outros usam um arquivo mais linear).