FWIW, acabei de me deparar com essa questão novamente, sob um disfarce diferente.
Se você estiver usando certificados SSL curinga, verifique se a entrada VirtualHost do domínio (domain.com) está listada antes de qualquer outra coisa (foo.domain.com, bar.domain.com, etc).
Eu tentei a configuração de uma vez por vez, e tudo correu bem até que eu adicionei o arquivo novamente.
Então eu pensei que o config filename era mais baixo alfabeticamente que o arquivo de configuração com a "definição de domínio primário". Mudou o link simbólico para que fosse colocado após a def principal e tudo funcionou como um encanto.
Exemplo de ordem de listagem falhada:
foo.domain.conf
prim.domain.conf
something.domain.conf
Lista de exemplo de trabalho:
prim.domain.conf
something.domain.conf
zfoo.domain.conf
HTH outra pessoa:)