man mke2fs
Você verá um -N para o número de inodes
Assim, você pode especificá-lo quando formatar uma nova partição. Não é tão útil agora, né?
tune2fs, que ajusta o sistema de arquivos, parece não ter como adicionar mais inodes.
Mas talvez ext3 ou 4 façam isso, e outra pessoa saiba ....?
Agora, você tem uma opção: backup, reformatar a partição e restaurar.