Acabei de remover a linha "XkbOptions" do meu xorg.conf, e adicionei isso ao autostart do Xfce:
/usr/bin/setxkbmap -option "ctrl:nocaps"
Ele transforma a tecla caps lock em uma Ctrl adicional, o que faz o truque para mim. Se você quisesse uma troca direta, acredito que "ctrl:swapcaps"
funcionaria. Por que vale a pena, esta página é um guia bastante decente:
Eu ainda não tive a chance de experimentar os outros métodos, mas também tenho um netbook com um layout um pouco estranho, e talvez eu precise brincar com isso um pouco.