Eu tenho o mesmo problema ao tentar publicar o SL App usando o VS2010, embora não haja problemas com o .NET 3.5SP1 e o VS2008.
Então, tente executar isso ( %windir%\Microsoft.NET\Framework\v4.0.30319\aspnet_regiis.exe -i
) como descrito aqui forums.iis.net/t/1149449.aspx e aqui www.gotknowhow.com/articles/fix-bad-module-managedpipelinehandler- in-iis7 e funciona agora. Então, o problema é ASP > NET 4.0 não foi instalado corretamente, huuu ...:)