O problema estava sendo iniciado por uma tarefa Cron executando um comando CLI do PHP a cada minuto. O código PHP parecia estar preso em algum tipo de loop de insanidade de erros detectados e grande quantidade de dados de depuração crescendo na velocidade do processador.
Como o código php sendo executado demorava mais de um minuto, ele não considerava o trabalho realizado, ele continuava a executar de novo e de novo aumentando a velocidade de crescimento dos dados (temporários?).
A mesma tarefa foi executada por quase um mês sem problemas, por isso não foi em minha mente como uma causa.
O estranho é que o script php define o tempo máximo de execução manualmente
Eu verifiquei o php.ini em busca de pistas
; Maximum execution time of each script, in seconds
; http://php.net/max-execution-time
; Note: This directive is hardcoded to 0 for the CLI SAPI
max_execution_time = 30
; Maximum amount of time each script may spend parsing request data. It's a good
; idea to limit this time on productions servers in order to eliminate unexpect$
; long running scripts.
; Note: This directive is hardcoded to -1 for the CLI SAPI
; Default Value: -1 (Unlimited)
; Development Value: 60 (60 seconds)
; Production Value: 60 (60 seconds)
; http://php.net/max-input-time
max_input_time = 60
Ele diz que os valores são codificados para ilimitado para o CLI! O_o