Ambos Puppet e Chef podem fazer o que você quer muito bem. Seu melhor será começar a fazer o que você está tentando fazer e decidir qual ferramenta você gosta mais. Eu acho que as grandes perguntas que você precisa fazer é:
Você quer uma DSL? - As receitas do Chef são escritas em ruby, o fantoche tem uma DSL. Se uma DSL é boa ou uma má escolha é uma das maiores diferenças entre chef e fantoche. O link que você postou para comparação da bitfield consulting tem alguns bons comentários sobre isso, você deve ler se ainda não o fez. Eu também achei esta postagem no blog útil, lembre-se de ler os comentários também.
Você conhece Ruby? - Se você não conhece Ruby, começar com o chef pode ser mais difícil ou exigir um investimento maior de tempo, já que você precisa aprender um novo idioma. O Puppet tem o seu idioma próprio que é fácil de começar. Começando com o fantoche 2.6, os manifestos podem ser escritos em ruby também.
Na Open Source Bridge em 2009, eles tiveram um painel com os autores e representantes do chef, puppet, bcfg2, cfengine e automateit, que você pode watch on bliptv que tem 1,75 horas de discussão sobre utilitários de gerenciamento de configuração.
Opscode / Chef fala sobre a diferença entre ele e o boneco em seu FAQ como bem.
Eu acho que você não sabe as perguntas certas a serem feitas, pode ser que você não tenha muita experiência em trabalhar com qualquer um deles, uma vez que você começar a usá-los, começará a perceber as diferenças entre eles. Eu sugiro vir com alguns problemas da vida real que você vai resolver com o chef ou fantoche, em seguida, começar a tentar resolvê-los e ver o que você gosta / não gosta deles. Com o Opscode / Chef, eles oferecem uma solução hospedada que você pode configurar 5 nós gratuitamente para começar.