Tanto quanto sei, o assistente de configuração do AWS-EB configura automaticamente um grupo de escalonamento automático do EC2 com uma contagem de instâncias em execução desejada padrão de 1. É por isso que toda vez que você tenta finalizar uma instância, a instância é relançada .
Por isso, sugiro remover o (s) grupo (s) do AutoScaling e, provavelmente, também carregar as configurações do balanceador que você não precisa mais.
Estas etapas serão realmente feitas para você se você encerrar o aplicativo EB, portanto, não será necessário fazer isso manualmente.