Você também pode usar o PcapSplitter que faz parte do PcapPlusPlus package. Ele faz exatamente o que você precisa (que está dividindo arquivos pcap por conexão TCP ou UDP), é multi-plataforma e não tem um limite no número de conexões no arquivo original (então você pode usá-lo para dividir um grande arquivo pcap contendo milhares de conexões ou até mais). O link acima é para o código-fonte, mas se você quiser um binário compilado - aqui é um link para binários que fiz para várias plataformas
EDIT: aparentemente uma nova versão do PcapPlusPlus foi lançada e contém binários do PcapSplitter para muitas plataformas (Windows, Ubuntu 12.04 / 14.04, Mac OSX Mavericks / Yosemite / El Captian). Acho melhor usar esses binários do que o link fornecido anteriormente. Você pode encontrá-lo aqui