A resposta é que você deve sempre medir, de preferência com seus próprios dados e carga de trabalho, se possível.
Como os padrões de acesso a dados podem variar muito de aplicativo para aplicativo, é difícil dizer e com toda a probabilidade impossível determinar um "melhor" mecanismo de armazenamento para todas as cargas de trabalho.
No entanto, há desenvolvimentos muito encorajadores no espaço do MySQL, tendo participado do MySQLConf / Percona Performance Conf na semana passada.
Alguns dos mecanismos de armazenamento alternativos:
- XtraDB (fork do InnoDB)
- Plugin InnoDB
- PBXT
- TokuDB
Além disso, Percona, Google, etc. contribuíram com patches que ajudam bastante no desempenho do InnoDB. Pessoalmente, eu corro uma construção OurDelta. Funciona muito bem para mim e eu encorajo a verificar as construções de OurDelta e Percona.