Como outro pôster disse, você precisa ter o sysctl definido o valor no kernel em execução. Existem várias maneiras de definir o valor sem reinicializar:
sysctl -p /etc/sysctl.conf
sysctl -w fs.file-max=100000
sysctl --system
IMHO o último método é o melhor, já que ele replica a ordem em que as configurações seriam aplicadas durante a inicialização (e, portanto, se você tiver um conflito, ficará evidente).
Nota: Não sei qual versão do CentOS você está usando, mas pelo menos no 7 eu me deparei com um problema em que se o dracut recria o initramfs por algum motivo (como ao instalar um novo módulo do kernel) irá copiar o conteúdo de /etc/sysctl.* para o initramfs, que será então executado pelo systemd-sysctl durante essa fase, mesmo se você posteriormente excluir essas entradas do /etc/sysctl.conf.
No meu ambiente, editei o módulo dracut do systemd para excluir /etc/sysctl.* desse ambiente (já que essas configurações serão definidas assim que o rootfs for montado e o systemd-sysctl for executado novamente). É apenas uma pegadinha que você pode encontrar.