Normalmente, quando a linha Icon= é alterada em .desktop file , ela deve ficar visível no ativador após efetuar logout / login. Quando um aplicativo é reinstalado, seu ícone também deve ser alterado, não há "Unity memory" como você mencionou.
Prioridade dos arquivos .desktop
Outra coisa é que uma versão local de um arquivo .desktop (em ~/.local/share/applications ) tem prioridade sobre a global em /usr/share/applications . Como você mencionou ter uma cópia local (antiga) do seu .desktop file (em um comentário), seu ícone recém-definido no arquivo global .desktop só entrará em vigor depois que você removeu o arquivo .desktop local.