Quando você "remove com segurança" um HDD USB - ele pára de girar. Eu acredito que há um comando USB para desligar o dispositivo (modo de espera, na verdade). Então, o que você precisa é como ligar o dispositivo novamente.
O aplicativo Remover com segurança tem uma ferramenta de linha de comando que é capaz de retornar o dispositivo de volta: "Retornando apenas o dispositivo parou de volta!".
É shareware, mas funciona:)