Veja este PDF sobre o que para pensar quando se preparar para o IPv6, também olhar para a seção de referência no final.
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Veja também apresentação de John Curran
Para resumir: 1. obtenha um espaço de endereçamento IPv6
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verifique se a conectividade ipv6 (nativa ou encapsulada) inclui itens como DNS, certificados de SSL
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Atualizações de ferramentas de sistema operacional, software e gerenciamento de rede podem ser necessárias para a funcionalidade IPv6
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Roteador, firewall e outras atualizações de hardware (appliances anti-spam, etc.)
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Treinamento de equipe de TI e atendimento ao cliente - não há motivo para se preparar para o IPv6 se você não tiver levado algum tempo para aprender como funciona