Você pode anexar ao processo usando o GDB e o ID do processo e, em seguida, emitir o comando call com exit(0) como argumento.
call permite que você chame funções dentro do programa em execução. Chamando exit(0) sai com um código de retorno de 0.
gdb -p <process name>
....
.... Gdb output clipped
(gdb) call exit(0)
Program exited normally.
Como ferramenta de uma linha:
gdb --batch --eval-command 'call exit(0)' --pid <process id>